Po novembri 1989 sa cirkvám naskytol priestor náboženskej slobody najskôr ešte v rámci Československa a od roku 1993 na území samostatnej SR. Po zrušení proticirkevných zákonov mohli slobodne vykonávať náboženskú činnosť a spolupracovať aj s cirkvami zo západných krajín. Dôležitou udalosťou koncom minulého storočia bol podpis zmluvy medzi Slovenskom a Vatikánom. Tento medzinárodný dokument u nás posilnil vplyv katolíckej cirkvi.
Nedávno sa konalo v Bratislave stretnutie predstaviteľov Konferencie biskupov Slovenska s cirkevnými právnikmi zo západnej Európy. Títo odborníci by sa mali pokúsiť ovplyvniť prijímanie zákonov v Európskej únii podľa predstáv katolíckej cirkvi. Otázkou však zostáva, či to má zájsť až tak ďaleko, ako bol podpis zmluvy SR so Svätou Stolicou.
Ďalšou otázkou, ktorá sa objavuje v novodobej Európe, je, aký veľký má byť vplyv cirkvi vo verejnom živote, napríklad do akej miery sa má zapájať do predvolebných kampaní a podobne. Postavenie cirkví v 21. storočí veľmi pekne opísali americkí univerzitní profesori Elisabeth Sewellová a Cole Durham vo svojom článku Náboženstvo v postsocialistickej Európe. Hovoria v ňom o pluralistickom modernom svete, o vzájomnom prepojení cirkví z rozličných krajín, či opisujú náboženstvo nielen ako stabilizujúci prvok, ale aj ako zdroj násilia. Myslia tým skupiny islamistov, nie islam ako taký.
Vatikánska zmluva z roku 2000 výrazne ovplyvňuje cirkevnú politiku jednotlivých slovenských vlád, napríklad nemožnosť zrušenia cirkevných sviatkov, ktoré sú zároveň aj dňami pracovného pokoja. Po prijatí dvoch čiastkových zmlúv s Vatikánom sa duchovným otvoril priestor pre pôsobenie v našich ozbrojených silách a vzrástol význam náboženstva v školách. Vatikánska zmluva teda otvára problematiku odluky cirkvi od štátu. V Európe poznáme jej viacero modelov: asignácia, cirkevná daň, striktná odluka.
Na Slovensku štát priamo dotuje katolícku cirkev. A to bez ohľadu na to, či sa to páči ateistom, ktorí tvoria druhú najpočetnejšiu skupinu obyvateľstva podľa posledného sčítania obyvateľstva. Poskytuje jej viaceré ekonomické výhody.
Tu sa dostávame k budúcemu prijatiu ďalšej čiastkovej zmluvy o financovaní katolíckej cirkvi. Možnosť finančnej odluky cirkvi od štátu je, zdá sa, v nedohľadne. Začiatky vládnych diskusií na túto tému sa akosi zasekli na mŕtvom bode. Zrejme to spôsobuje právny problém uzatvorenia Vatikánskej zmluvy.
Nepochybne by túto zmluvu mali najskôr posúdiť ústavní právnici, keďže podľa ústavy sa Slovenská republika neviaže na žiadnu ideológiu ani náboženstvo. Treba si tiež dať urobiť právnu analýzu, či nejde určitým spôsobom o zasahovanie kánonického práva do svetského práva, aby sa prípadne dospelo k jej vypovedaniu, pretože zo strany SR je nevypovedateľná. Navyše, ako je možné, že jednej strane zo zmluvy vyplývajú len práva a druhej iba povinnosti?
To sú zásadné otázky voči ideológiám a náboženstvám neutrálneho štátu, ktoré by si mala položiť každá slovenská vláda a nájsť politickú vôľu dať preskúmať Vatikánsku zmluvu aj na medzinárodnom poli. Ak sa tak do budúcnosti neudeje, potom si položme otázky: Je ešte možná finančná odluka katolíckej cirkvi od štátu bez zrušenia Vatikánskej zmluvy? A následne nie je náhodou už teraz ohrozený aj ústavou zaručený neutrálny charakter Slovenskej republiky?