Článok však vyvoláva aj otázky, o čo asi ide, prečo by sme sa mali tešiť z toho, že vedci nebudú robiť vedu, ale podnikať. Jedným z uvádzaných argumentov je, že vedci najmä z technicky zameraných ústavov budú môcť získať peniaze na svoju prevádzku a mali by mať možnosť spolupracovať s komerčnými firmami. Zároveň sa však objavuje informácia, že nejde o vôľu SAV, ale tlak zo strany ministerstiev financií a vnútra v rámci reformy ESO.
Táto verejná inštitúcia pracujúca vo verejnom záujme sa ide zmeniť na skupinu obchodne zameraných firiem, a to bez akýchkoľvek analýz. Tie chýbajú zo strany ministerstiev aj iniciátorov zo SAV. Nie je totiž pravdou, že jej transformácia sa robí pod tlakom štátu. Už viac rokov sa ju pokúšajú vnútri inštitúcie presadzovať niektoré pracoviská, či skôr ich predstavitelia, ktorí by radi podnikali, a svoj model chcú nanútiť aj tým pracoviskám, ktoré o to nemajú záujem.
Doterajším poslaním SAV podnikanie nie je a podnikatelia sa v akadémii zvyčajne nezamestnávali. Keďže jej súčasné poslanie je predovšetkým robiť vedu a podnikať síce môže, no len veľmi obmedzene, práve tí, čo by radi začali zarábať na svojich výskumoch, alebo by radi podnikali s verejným majetkom za chrbtom, sú hlavnými iniciátormi týchto zmien.
Transformácia SAV predstavuje riziko obmedzenia základného výskumu ako takého vrátane teoretického výskumu vo fyzike, v matematike, alebo aj v biomedicíne. Presmerovanie dôrazu na bezprostrednú využiteľnosť v praxi a prepojenie so záujmami firiem je v podstate zmenou z nezávislej inštitúcie zameranej na vytváranie nekomerčného a verejnoprospešného poznávania na organizáciu podporujúcu súkromné aktivity a zisky aj s podporou verejných zdrojov.
Nie náhodou ešte pred prijatím zákonov o verejnovýskumných inštitúciách a o SAV prebiehajú intenzívne zápasy o prerozdeľovanie majetku akadémie, ktorý by chceli niektorí „reformátori“ neskôr vkladať do spoločných podnikov so súkromnými firmami. Nie náhodou prebieha nátlak na jednotlivé ústavy, aby sa „dobrovoľne“ zlučovali, lebo čím menej bude samostatných ústavov, tým ľahšie sa bude majetok a financie prúdiace do SAV ovládať.
Nie náhodou po niekoľkých rokoch diskusií chýbajú akékoľvek analýzy nákladov na jej zmenu a na riziká riadenia novej, už transformovanej akadémie. Ak by totiž niekto urobil veľmi jednoduchú analýzu (aj na základe českého vzoru), ľahko by zistil, že ide o model, ktorý je v podmienkach Slovenska drahší na riadenia a spravovanie, na samotnú vedu by tak zostalo menej financií. V takomto modeli by sa výrazne obmedzila akademická samosprávnosť, čo mení sféru kreatívneho hľadania riešení na model firmy, kde robotníci len mechanicky, bez invencie vykonávajú zadané úlohy.
Práve absencia akýchkoľvek dosahových analýz a identifikácie rizík spolu s nátlakom na kritikov transformácie je to, čo vyvoláva podozrenia, že prezentované ciele nie sú poctivé. Chýbajúce informácie a zbabelé mlčanie tých predstaviteľov akadémie, ktorí na svoje pozície kandidovali s ambíciou pozastaviť transformáciu v takej živelnej podobe, nevytvárajú o celom procese zmien v SAV dobrý obraz.
Niekoľkoročná diskusia o tejto čudnej transformácii nevrhá dobré svetlo ani tých vedcov, ktorí sa na jej príprave podieľajú, pritom ignorujú svoj profesionálny inštinkt. Ten káže opierať sa vždy iba o fakty. Ukazujú sa skôr ako politici, pre ktorých sú osobné a skupinové záujmy dôležitejšie ako fakty, argumenty a analýzy.