Dôsledok pre výskumné ústavy bol zrejmý: ich činnosť sa obmedzovala, niekde i zanikla. Pre mnohé možnosť záchrany spočívala v postupnom prechode od výskumu na podnikateľské aktivity. Krok za krokom sa z nich stávali výrobné jednotky, ktoré im síce umožnili prežiť, ale aplikovaný výskum atrofoval, z výskumníkov sa stávali pracovníci vo výrobe.
Vznikajúci voľný priestor po kolabujúcom aplikovanom výskume chceli zaplniť vysoké školy, a najmä Slovenská akadémia vied. Volali po viaczdrojovom financovaní svojej činnosti, očakávali peniaze z hospodárskej, priemyselnej sféry. Pre SAV to znamenalo potrebu transformácie z rozpočtovej a príspevkovej organizácie na inú formu činnosti. Niekoľkoročné úsilie sa premietla do schválenia transformácie SAV na verejnú výskumnú inštitúciu (VVI).
Priemyselné firmy budú zadávať výskumné témy a programy, trvať na dodržaní termínov, ak ich majú financovať. A to bez ohľadu na ústavou garantovanú slobodu v akademickom výskume.
Transformácia umožňuje jednotlivým ústavom, aby neboli bytostne závislé od štátneho príspevku, no už sa môžu uchádzať o zdroje i zo súkromnej sféry. Vedci to vraj vítajú, tešia sa na nové výzvy, príležitosti a podnikanie, zlepšenie ekonomiky, spoluprácu s veľkými firmami. Ale budú mať podnikateľské subjekty záujem o spoluprácu, a hlavne o spolufinancovanie všetkých ústavov SAV, napríklad humanitných či umeleckých?
Technicky zamerané ústavy majú ambície vyplniť medzeru v absencii domáceho aplikovaného výskumu, získať na svoju činnosť aj peniaze. Priemyselné firmy hádam prejavia záujem o spoluprácu so SAV vrátene financovania prác. Budú však vyžadovať konkrétne realizácie, ktoré prinesú i hmatateľné ekonomické prínosy.
Určite ich neuspokojí iba publikovanie v odborných časopisoch či počet citácií. Budú to ony, kto bude zadávať výskumné témy a programy, trvať na dodržaní termínov, ak ich majú financovať. A to bez ohľadu na ústavou garantovanú slobodu v akademickom výskume.
Transformácia má priniesť aj rozličné varianty podnikateľských aktivít. Po dosiahnutí prvých úspešných výsledkov môžu riešitelia založiť startup, ktorý sa zrejme neskôr zmení na spoločný podnik so súkromnou firmou a napokon sa vytvorí samostatný ekonomický subjekt.
Pre vedcov to bude lákavé. Platy porastú určite výraznejšie ako v „materskej“ SAV, no nebude cieľom mnohých podnikanie, a nie vedecká práca? Aké budú podiely akadémie na zisku samostatného subjektu? Ak vôbec budú. Hrozí, že SAV takto príde nenávratne o viacerých pracovníkov, časť majetku, prístrojov, ktoré vloží do startupu samostatného subjektu.
Podobný osud zaznamenali v minulosti transformujúce sa výskumné ústavy. Aj tam sa od šancí podnikať veľa sľubovalo, výnosy mali podporiť vlastný výskum, laboratóriá, technickú knižnicu. Výskum trval ešte chvíľu, kým bola štátna podpora projektov, no keď sa skončila, zatvárali sa i knižnice, „nepotrebné“ laboratóriá a napokon i „nepotrebný“ výskum. Hoci výroba profitovala. Samostatné ústavy transformovanej SAV budú riadiť nové orgány – dozorné a správne rady (podobne to bolo s výskumnými ústavmi). A tam nebudú len pracovníci akadémie, ale aj zo súkromného sektoru. I to výrazne ovplyvní ich orientáciu.
Ak SAV v minulosti prejavovala ambície nahradiť aplikovaný výskum, mala by sa poučiť z jeho príbehu. Aj tam bola na začiatku dobrá myšlienka – výrobou a výnosmi z nej zachrániť výskum – a časom zapadla prachom.