Viacerí historici verejne vyjadrili ostrý protest proti tejto nominácii a k celej udalosti sa vyjadrilo aj vedenie Filozofickej fakulty Univerzity Komenského v Bratislave. Uviedli, že meno profesora Daniela Rapanta bolo zneužité a zároveň sa dištancovali od vedúceho Katedry slovenských dejín FiF UK profesora Martina Homzu, ktorý na slávnostnom udelení tejto ceny predniesol J. Rydlovi laudácio.
Cena, ktorú historický odbor Matice slovenskej udeľuje, nesie meno významnej osobnosti, morálnej a vedeckej autority. Prof. Daniel Rapant (1897 – 1988) bol zakladateľom vedeckého výskumu v oblasti slovenských dejín. Jeho životné dielo aj po mnohých desaťročiach vzbudzuje úctu a obdiv a ostáva vo viacerých ohľadoch neprekonané. Vďaka erudícii a autorite sa stal priam legendárnou postavou slovenskej historiografie. Zároveň bol aj riaditeľom Krajinského archívu – ideového predchodcu Slovenského národného archívu, rektorom Univerzity Komenského, predsedom historického odboru Matice Slovenskej a prvým predsedom Slovenskej historickej spoločnosti.
Do jeho života však tvrdo zasiahol komunistický režim. Jeho predstavitelia od neho žiadali, aby prepísal svoje práce a stal sa propagátorom vládnucej ideológie. Daniel Rapant však nepoprel vlastné presvedčenie. Napriek tomu, že dostal zákaz prednášať a povolili mu pracovať iba v Univerzitnej knižnici, ostal neoblomný a neohol chrbát až do konca svojho života. Aj v tomto tkvie odkaz tohto výnimočného človeka, ktorému bola len pred niekoľkými týždňami udelená veľká strieborná medaila Univerzity Komenského in memoriam.
V protiklade s touto výnimočnou osobnosťou vysokých morálnych zásad stojí osoba Jozefa Rydla. Človek, ktorému bolo dokázané, že súčasne poberal plat poslanca NR SR a švajčiarsky invalidný dôchodok (kvôli schizofrénii s paranoidným príznakom), a ktorého kariéru sprevádza množstvo ďalších vážnych etických a morálnych káuz. Rovnaké, ak nie horšie, je to aj vo vedeckej a v akademickej oblasti. Klamanie a zavádzanie verejnosti o jeho pôsobení na svetových univerzitách vrcholí neoprávneným užívaním titulu profesor. Ten mu udelilo Centrum slovanských štúdií William Ritter, ktorého bol J. Rydlo zakladateľom, prezidentom a väčšinou času jeho existencie aj jediným členom.
Jeho celkový profil dotvára vyjadrenie z roku 2007: „Jozef Tiso je najväčšia osobnosť slovenských dejín v 20. storočí.“ Obhajca čelných predstaviteľov prvej Slovenskej republiky však ako historik veľkú dieru do sveta neurobil. Ako píše vedúca vedecká pracovníčka Historického ústavu SAV Eva Kowalská: „… jeho diela nemajú dostatočnú vedeckú relevanciu… Je však pravdou, že vo vedeckých kruhoch (o to menej zahraničných) jeho práce nijako širšie nerezonujú…“
Práca, ale aj morálny profil Jozefa Rydla sú spochybňované už roky, a preto nie je a nemôže byť relevantným laureátom ceny, ktorá nosí meno jedného z najvýznamnejších slovenských historikov.
Pri porovnaní týchto dvoch osobností nachádzame diametrálne rozdiely. Dielo Daniela Rapanta preveril čas a jeho prínos pre vedu je nespochybniteľný. Práca, ale aj morálny profil Jozefa Rydla sú spochybňované už roky, a preto nie je a nemôže byť relevantným laureátom ceny, ktorá nosí meno jedného z najvýznamnejších slovenských historikov. Je známe, že Daniel Rapant dbal na kvalitné vzdelanie a na dosadzovanie vysokoškolsky vzdelaných odborníkov na odborné a vedecké posty. Profesorský titul J. Rydla, ktorý si de facto udelil sám, by celkom určite nezapadol to tejto koncepcie. Navyše udeľovanie titulov, ako aj samotnej ceny skôr pripomína Rapantových názorových oponentov ako samotného Rapanta. Aj mnohí komunistický pohlavári získali akademické hodnosti a tiež rôzne ďalšie ocenenia, často bez adekvátneho vzdelania a schopností. Je smutným paradoxom, že práve cena nesúca meno Daniela Rapanta sa nestala nositeľom odbornej a ľudskej kvality, ale ideovo-politickým nástrojom odmeňovania ľudí s pochybnou povesťou.
Čo s tým však môžeme urobiť? Dôležité je najmä poukázať na neoprávnenosť udelenia ceny, ktorá má byť najvyšším ocenením prínosu pre historické vedy. Zásadným problémom však nie je udelenie ceny ako takej, ale zneužite mena Daniela Rapanta. Jeho dcéra Dr. Helena Rapantová už v minulosti vyjadrila nesúhlas s udelením tohto ocenenia Milanovi Ďuricovi a momentálne zvažuje právne kroky s cieľom odobratia práva udeľovania ceny nesúcej meno jej otca. Ak nesúhlas prejavujú členovia rodiny, vedecké a akademické inštitúcie a poprední slovenskí historici a archivári, je skutočne namieste, aby predsedníctvo historického odboru MS opätovne zvážilo svoje rozhodnutie a jeho členovia prijali rozhodnutie adekvátne obsahu štatútu udeľovania Ceny Daniela Rapanta.
Viacerí v minulosti ocenení ako prof. Richard Marsina, doc. Juraj Žudel alebo prof. Jozef Šimončič vytvorili dielo, ktoré zanechalo trvalú stopu. Dnes sa však spomenutí ocitli spolu s Rapantom vo veľmi pochybnej spoločnosti. Treba preto vyvíjať tlak na to, aby s cenou nesúcou meno Daniela Rapanta boli spájané už len osoby zodpovedajúcich kvalít.