SAV má od roku 1990 vypracovaný systém akreditácií a evaluácií. Na tomto procese sa zúčastňujú významní odborníci, teda aj externisti mimo akadémie a zo zahraničia. Akreditáciami pravidelne prechádzajú všetky pracoviská a ich vedenia si musia robiť, ak chcú držať krok, akreditáciu svojich pracovníkov. V minulosti sa niektoré pracoviská pre slabú výkonnosť zrušili, ale iba výnimočne.
Systém pravidelných akreditácií a evaluácií je dôležitým článkom samoregulácie vedy, ktorý zabraňuje, aby sa v SAV niektorí „iba viezli“. Požiadavka, aby sa SAV transformovala, aby si urobila vo svojej inštitúcii „poriadok“, je len prázdne klišé, ktoré vyplýva z neinformovanosti. Ak nevieme pomenovať, kto konkrétne sa v SAV vezie, potom také konštatovanie je bezobsažné. Občas ho používajú politici, aby zdôvodnili nedostatočné financovanie vedy.
Všade, vo všetkých oblastiach, sú vynikajúci odborníci a sú aj priemerní. Nemôžu byť všetci rovnakí. To však neznamená, že tí menej vynikajúci nepracujú a nedosahujú výsledky. Problémom v SAV je, že nemôže dostatočne podporiť tých vynikajúcich. Na to slúži vo svetovej vede systém centier excelencie. Pred niekoľkými rokmi som vypracoval taký program, ktorý v SAV stále existuje. Pravdupovediac, nefunguje celkom tak, ako by mal. Rovnako sa nedarí zohľadniť výsledky evaluácií v tom zmysle, že by vynikajúce pracoviská dostali na výskum výrazne viac financií. Príčina je v nedostatočnom financovaní vedy.
Ak by SAV zo svojho rozpočtu dala výrazne viac na excelentné pracoviská, potom by nemohla financovať tie ostatné, ktoré by zanikli. Zanikli by teda nie tí, „čo sa vezú“, ale tí, ktorí podávajú dobré výkony, robia dobrý výskum, iba nie sú, z rôznych dôvodov, excelentní. Zanikli by aj niektoré vedné odbory, čo by bolo pre rozvoj vedy ako takej jednoznačne negatívne. Kto pozná dejiny vied, vie, že vynikajúce výsledky sú zriedkavé a musí sa k nim vedec či vedecký tím dopracovať aj cez viaceré neúspešné experimenty. Problém teda nie je v transformácii, reforme či „poriadku“ v SAV, ale v nedostatočnom financovaní.