S dnešnou podobou je asi málokto spokojný. Tí, čo celú transformáciu presadzovali, kritizujú, že vypadlo množstvo pôvodných dôležitých princípov (zmluvy pre pracovníkov len na dobu určitú, silnejšia pozícia vedenia pracovísk, možnosť ľahko obchodovať s „prebytočným“ majetkom pracovísk), tí, čo varovali pred zmenou akadémie na združenie obchodných spoločností a firiem, zasa nie sú spokojní s oslabenou samosprávnosťou samotných ústavov, oslabením zamerania SAV na základný výskum v prospech aplikovaného, posilnenie vplyvu „hospodárskej sféry“ na činnosť pracovísk a nutnosť prebrať štruktúru riadenia a kontroly podľa podnikateľských subjektov.
Doterajšie skúsenosti vysokých škôl na Slovensku ukazujú, že vlastníctvo pôvodne štátneho majetku, otvorenie priestoru na podnikanie, zavedenie princípov správnych a dozorných rád do štruktúry samosprávy, neviedli k žiadnym vedeckým zázrakom.
No pravdepodobne všetkých spája nespokojnosť z rozbujnenia rôznych byrokratických štruktúr (okrem pôvodných vedeckých rád pribudnú dozorné a správne rady), čo znamená opäť viac času a ľudí zaangažovaných do byrokratického spravovania pracovísk. Aj vytvorenie novej úrovne riadiacich štruktúr na novovytvorených pracoviskách po zlúčení viacerých doterajších ústavov je v priamom rozpore s tým, čím boli hlavní proponenti transformácie SAV viazaní. Súčasná forma sa však dá pomerne jednoducho porovnať s pôvodným vzorom z ČR. V priebehu prípravy súčasného modelu sa od neho čoraz viac vzďaľovala a v mnohých princípoch poprela to, čo je jadrom českého modelu.
Niekoľkoročný proces transformácie však vnútorne oslabil a rozdelil SAV. Nielen spoločenské a humanitné vedy proti prírodným a technickým. Rozdelil akadémiu najmä na základe toho, kto bude z novej formy profitovať a kto musel prijať právnu formu, ktorá pre nich nemá v podstate žiadne výhody, len väčšiu mieru byrokracie a oslabenie samosprávnosti pracovísk.
Astronomický ústav, umenovedné a jazykovedné pracoviská, fyzici a pod. nebudú mať viac možností len preto, že budú vlastníkmi budov, v ktorých sídlia, a budú mať nové kontrolné orgány. Možno naopak, budú to pre nich väčšie výdavky na ich údržbu a organizáciu zasadaní rád, obzvlášť pri pracoviskách, ktoré sídlia v starších a často už nevyhovujúcich priestoroch. Pred pracoviskami, ktoré boli zamerané aj chcú byť zamerané predovšetkým na základný výskum, sa objavia nové praktické problémy, ktoré bude nutné riešiť s vysokou dávkou interpretačnej tvorivosti pri výklade zákonov a vnútorných predpisov SAV.
Už len zostavovanie dozorných, správnych a vedeckých (!) rád bude komplikované pre ústavy, ktoré nemajú za cieľ priame výstupy alebo prepojenia s ekonomickou sférou, keďže podmienkou je mať v takýchto radách aj ľudí z hospodárskej sféry. Ako motivovať externistov z oblasti podnikania, aby chodili na zasadania akademikov?
Na celom procese transformácie je však zaujímavé aj to, že viacerí ľudia, ktorí boli viazaní zákonmi, medzi ktorými bolo napríklad zameranie ich činnosti na určité stanovené ciele, sa rozhodli, že sa nechcú venovať len vede a základnému výskumu, ale výskumu aplikovanému a obchodovaniu s vedeckým poznaním. Obchodovaniachtiví vedci (nie štát) dokázali iniciovať zmenu zákona a jeho filozofie podľa svojich predstáv. No s tým, že teraz sa budú musieť ich vízii o fungovaní a cieľoch vedy prispôsobiť aj tí, ktorí sa v duchu doteraz platnej legislatívy zameriavali predovšetkým alebo výlučne na základný výskum.
No najrizikovejším prvkom nového modelu fungovanie SAV je to, že s vysokou mierou pravdepodobnosti nedokáže naplniť očakávania (a sľuby), ktoré sú s ním spájané, teda výrazne zvýšiť úroveň vedeckého výskumu v SAV a priniesť do akadémie viac zdrojov zo súkromnej sféry.
Nielenže doteraz nebola urobená žiadna štúdia ekonomických a vedeckých prínosov či dosahov rôznych modelov fungovania akadémie (a to ani napriek opakovaným požiadavkám dať takého analýzy urobiť), no doterajšie skúsenosti vysokých škôl na Slovensku ukazujú, že vlastníctvo pôvodne štátneho alebo verejného majetku, otvorenie priestoru na podnikanie, zavedenie princípov správnych a dozorných rád do štruktúry samosprávy či centralizácia spolu s prenášaním právnej subjektivity na vyššie úrovne neviedli k žiadnym vedeckým zázrakom. Skôr naopak, práve z univerzitného prostredia v poslednom čase zaznievajú protesty proti posilňovaniu manažérskych princípov riadenia a podriaďovania akademickej samosprávnosti hospodárskym záujmom. Princípy, ktoré na univerzitách aktuálne spochybňujú, sa stávajú v rovnakom čase výkladnou skriňou a ambíciou propagátorov novej formy fungovania SAV.
No karty sú už rozdané a nové fungovanie SAV je posvätené štátom. To znamená nastolenie istého druhu zmieru, hoci dosť asymetrického, no zákonmi a predpismi jasne vymedzeného. Treba len veriť, že tak, ako sa počas prípravy transformácie podarilo zachrániť veľa z princípov akademickej samosprávnosti a akademickej slobody, sa napriek hospodárskym ambíciám nového modelu podarí zachrániť aj aspoň súčasnú úroveň vedeckého bádania na SAV.