Radikálne islamistické hnutie Taliban, ktoré sa sformovalo začiatkom 90. rokov v Pakistane, sa opieralo najmä o početnú a významnú etnickú skupinu Paštúnov, ktorá je umelo rozdelená hranicou medzi Pakistanom a Afganistanom a má významný vplyv na obidvoch stranách hraníc, či v Afganistane, alebo Pakistane.
Po odchode armády ZSSR a po páde vlády Nadžibuláha sa Taliban s podporou Pakistanu a Saudskej Arábie dostal k moci. O mocenský vplyv sa usilovali aj tri najvýznamnejšie organizácie: Hizb-e-Islami vedená Gulbudínom Hekmatiarom, Džamiat-e-Islami, veliteľom ktorej bol Ahmad Šah Masúd (Tádžik) a Džumbiš-e-Mili, ktorú viedol generál Rašíd Dostum. Táto organizácia reprezentovala časť afganských Uzbekov.
Keď Taliban za pomoci Pakistanu obsadil v 90. rokoch Kábul, pozval do Afganistanu ako do bezpečného útočiska Usamu bin Ládina a vedenie organizácie Al-Kajdá. Prostredníctvom Talibanu na základe radikálnej wahábistickej interpretácie Koránu sa posilňoval vplyv Saudskej Arábie v tejto aj v iných oblastiach islamského sveta. Najvýznamnejším nástrojom kontroly správania, dodržiavania odievania a životného štýlu bola náboženská polícia. Z tohto centra bol naplánovaný a zorganizovaný samovražedný útok veľkokapacitných lietadiel osobnej dopravy na transamerickej linke od východného pobrežia USA po tichomorské, ktoré boli po štarte otočené na ciele v New Yorku a Pentagone. Tieto samovražedné útoky dopravných lietadiel si vyžiadali okolo 3 000 mŕtvych.
Víťazstvo Talibanu v Afganistane môže destabilizovať situáciu v širšom okruhu krajín, predovšetkým to môžu byť republiky bývalej sovietskej Strednej Ázie, ďalej to bude mať vplyv aj na vnútornú situáciu v Pakistane.
V krátkom čase prišla odveta a proti pozíciám Talibanu v Afganistane a v hlavnom meste Kábul zaútočila armáda USA. Taliban sa z Kábulu stiahol a najväčšie straty v tomto období utrpel v provincii Mazare Šaríf, keď v pevnosti Kalaidžangi zahynulo niekoľko stoviek talibancov a medzi nimi bol zajatý aj Američan John Walker, ktorý vstúpil do radov Talibanu.
Stratégia Talibanu sa prispôsobovala novej situácii, keď prechádzala na kombináciu partizánskych a teroristických útokov. Vybudoval si aj sieť výcvikových táborov, v ktorých sa účastníci pripravovali aj na špecifické formy útokov. Boli to aj tábory, ktoré pripravovali bojovníkov aj na samovražedné útoky.
Zložitý terén Afganistanu aj s vysokohorskými podmienkami si vyžadoval efektívnu protipartizánsku a protiteroristickú stratégiu. V tejto boli zahrnuté aj podmienky bojov v prímestských a mestských častiach, najmä hlavných miest jednotlivých provincií. Výhodou pre bojovníkov Talibanu boli aj „deravé hranice“ medzi Afganistanom a Pakistanom. Nevýhodou pre vládu a afganskú armádu je aj poloha hlavného mesta Kábul vo východnej časti Afganistanu. Sformovala sa i nová štruktúra vedenia afganského Talibanu, ktorá zodpovedala aj meniacim sa podmienkam.
Taliban však nie je jednotné hnutie. Majú v ňom vplyv aj regionálne autority. Dôležitou je pozícia warlordov, vojenských veliteľov oblastí a pri zabezpečení finančných zdrojov je významný podiel na obchode s drogami. Toto vedenie pristúpilo v roku 2018 k mierovým rokovaniam v Dauhe, kde rastúce úspechy Talibanu v Afganistane posilňovali jeho rokovaciu pozíciu.
Víťazstvo Talibanu v Afganistane však môže destabilizovať situáciu v širšom okruhu krajín, predovšetkým to môžu byť republiky bývalej sovietskej Strednej Ázie, ďalej to bude mať vplyv aj na vnútornú situáciu v Pakistane, kde pri útokoch pakistanského Talibanu na strategické body infraštruktúry môže byť významne narušená bezpečnostná situácia v krajine. Dotýka sa to aj Iránu, najmä v oblasti jeho západných hraníc s Afganistanom, kde je provincia Herát, kde sa hovorí afganskou verziou perzského jazyka – dárí.